什么是SNP(Single Nucleotide Polymorphism)?

博凌科为-为你SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism).据估计,在人类基因组中,大约 每千个碱基中有一个SNP,无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR),都要广泛得多.使用SNPs寻 找易感基因主要是因为它有几个优点：(1) SNPs在基因组中的相对高频分布,非常适合用于关联分析.(2) SNP在人群中是二等位基因性的,在任何人群中其等位基因频率都可估计出来； (3) 与串联重复的微卫星位点相比,SNP是高度稳定的,尤其是处于编码区的SNP(cSNP),而前者的高突变率容易引起对人群的遗传分析出现困难； (4) 部分位于基因内部的SNP可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平,因此,它们本身可能就是疾病遗传机制的候选改变位点； (5)易于进行自动化、规 模化分析,缩短了研究时间.使用SNP的缺陷呢?SNP的二等位基因性,也就是在每个基因座位只有两个可能的基因 型,使得其heterozygosity比较低,也就是提供的信息比较少.因此,必须对大量的SNP进行基因分型.Hapmap 计划等公共SNP数据库为大规模基因组关联分析提供了必需的遗产标记.使用这些SNPs,能够帮助我们确定具有显著统计意义的热点区域.对于这些区域,我们设计引物,进行PCR测序,即resequencing整个基因编码区和启动子区,进一步寻找突变位点.使用RFLP,就是利用限制性酶切位点的多态性,比较适合于不大的样本和少数个SNP.而在大规模基因分型工作中,会使用不同的平台,比如目前 Affymetrix推出的人类基因组500K芯片.