关于454焦磷酸测序的原理问题
问题描述：
关于454焦磷酸测序的原理问题
测序过程到底是如何进行的?我知道每有一个碱基匹配正确就会发出荧光,但我的问题如下：每个磁珠上的单克隆是同个目的基因的不同片段还是不同的目的基因,即该测序方法是能同时测序多个不同基因序列还是快速测出一个基因的序列?如果是将一个基因序列打断到不同的磁珠里,那怎样保证分别测序后各片段序列按照原基因序列顺序重新整合?该方法是否可以控制一次只结合一个碱基（如果目的序列是AAA,在T核苷酸进入时会不会一下合出3个连续碱基）?还有就是假设目的片段长为a,一个碱基进入的时间为t,那么测量整段目的片段的用时是不是就应该是4at?这真的很快吗?以上问题能答多少就答多少,
答
1,对高通量测序来说,如果是测基因组相当于做鸟枪库测序,而不是针对特定位置来测得.
2,无法保证.所以实际上每次测一个基因组,其实要获得测至少6倍以上基因组大小的数据.通过过量的数据来拼接,最后再把仍然没解决的gap用一代测序cover掉.
3,理论上,是这样.一个接一个的进入.
4,我忘记454是几色萤光了.应该是单色,还需加入洗涤同步的时间,要远大于4at.ngs快不是指并不是每个循环快,而是每次获得的信息量大.ngs每次跑的时间要数倍于一代测序,但是获得的信息量要千倍于一代测序.如果想要大量数据,自然是ngs快的多.说它价钱便宜也是同样道理.