扩CDS的引物能做基因的表达分析吗

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• 关于引物设计要对目的基因进行定量分析,基因全长1932NT,是不是只要选择其中的一段就行了,长约400NT左右,那么这一段应如何选?该基因的保守序列吗?该怎么确定一段基因是否是保守序列?我在GNEBANK里也查到了该基因,但未指出保守序列!
• 一个未知基因用简并引物克隆出来后,再测序,那么测序分析后后,下一步做什么?基因在植物不同器官的表达，如何设计实验？我的下一步就是做这个
• 已知一个基因的mRNA和cDNA,我想克隆此基因,进行转染表达,但是设计的引物无法扩增出目的片段……急求!我目的片段大小为2800,载体为eGFP-N1,设计引物中,我是取了ATG开始的前20个左右的碱基,加入酶切位点和保护碱基,后面是取了去掉终止密码子的互补序列,加入酶切位点和保护碱基……（问题：1、除了酶切位点和保护碱基,还有什么需加入什么吗?2、需要在上游序列中加入KOZAK序列吗?其作用是什么?下游也需要吗?3、酶切位点的保护碱基是特定的吗?4、克隆目的基因,必须从ATG开始设计上游引物,终止密码子设计下游引物吗?可不可以从中间或者两侧设计?因为位置若固定的话很难找到合适的引物）……十分紧急,
• pcr 条件我做了IGF-1基因5'调制区的,按照别人发的文章条件跑的PCR,自己又优化了条件,结果PCR产物经检测,有目的条带,但好像在100bp下面有一条条带,我怀疑是引物二聚体.请问各位有什么办法能将这条带去掉呀?退火温度我做了梯度试验,55-61度.目的条带很清楚,最下面有引物二聚体条带,这样的PCR的产物能做酶切吗?
• 我如果目的是为了得到该基因的表达产物,而克隆基因,那么引物设计是否上游和下游分别在序列的两端啊?另外,序列是cdna序列还是cds序列?
• 目的基因上游引物中引入了终止密码,而原核表达载体上有ATG,这样我的目的基因能被表达出来吗?
• 为什么我DNA跑琼脂糖凝胶电泳时跑不出孔我们用PCR扩增出来的DNA分子,在跑琼脂糖凝胶电泳回收时居然跑不出孔 但是有条带,不知道是什么原因,另外说明一下,不是琼脂糖凝胶电泳的问题,因为我点了几次,而且其他的都能跑出很好的条带（不是一批上的PCR反应）,而就这一批上的没跑不出电泳,请专业人士分析一下我是不是加错了什么东西让DNA分子不带电.（我加的东西：buffer,dNTP,引物,酶,ddH2O,TE）加的东西也没问题天天用引物也没问题.我扩的pcr一般在几百bp 不可能跑不出去或者太大 我用的3000marker作对照,而且另一批跑出去了.就算我没有扩对目的基因,也会有不对的带啊 但它在胶空那儿有很亮的带
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