关于引物设计要对目的基因进行定量分析,基因全长1932NT,是不是只要选择其中的一段就行了,长约400NT左右,那么这一段应如何选?该基因的保守序列吗?该怎么确定一段基因是否是保守序列?我在GNEBANK里也查到了该基因,但未指出保守序列!
问题描述：
关于引物设计
要对目的基因进行定量分析,基因全长1932NT,是不是只要选择其中的一段就行了,长约400NT左右,那么这一段应如何选?该基因的保守序列吗?该怎么确定一段基因是否是保守序列?我在GNEBANK里也查到了该基因,但未指出保守序列!
答
要定量分析是指要做Realtime PCR吧.那么引物需要满足的是
1.特异性片段,在基因组里特异性比较高；
2.最好跨内含子设计两引物,可以避免基因组干扰；
3.产物长度在200bp以内比较好
如果只是RT-PCR,那么片段长度也要小于500bp,然后选择跨内含子比较好.
至于如何确定保守区特异区,把基因全长在blast里面比较,看在所有物种里面哪段保守性好,blast里面会用不同颜色线段表示