为什么在化学反应中有的原子结合变成分子有的变成离子

你这个问题回答起来就麻烦了.
一：分子在化学中分为极性分子和非极性分子.极性分子比方说NACL,cuso4等等,而非极性分子有H2,O2,CcL4等等.
二：离子是由极性分子在一定条件下游离出来的带有电荷的原子.比方说CUSO4在水溶液中溶解以后会离解出二价铜离子和二价负硫酸根离子.
三：化学反应中,根据不同元素之间的对电荷吸引能力的大小和吉布斯*能分解成为原子,和离子,然后根据反应后总的吉布斯*能最低的原则结合在一起!也就是反应后生成的物质组合最为稳定.而具体是结合成极性分子还是非极性分子是看具体情况的,这里举两个例子.
NACL+AGNO3=AGCL+NANO3,在溶液中AGCL是沉淀,这里还是以离子存在于溶液中,只是AGCL的溶解度和低,单位水能够溶解的量很少而已.NANO3就不多说了.
KClO3+6HCl==KCl+3Cl2↑+3H2O
这里就生成了非极性分子的CL2,而H2O和KCL都是极性分子,在水中以离子状态来显示出来!
三：我从你的问题中看出,你对于分子和离子这两个概念有点没有说清楚.这里补充说下,分子是指不带电荷的中性的又原子或者离子结合在一起的物质单位,而离子是指带电荷的能独立存在的物质单位.它们所表示的意义是不同的.如还有什么请留言给我.