荧光定量PCR引物为什么要跨内含子设计,大家都说是为了避免提RNA时残留基因组的干扰,但是即使跨了内含子,假如有基因组残留,Real time PCR中还是能P出比cDNA大的一条带（含内含子的条带）,探针同样会结合这条大的片段,不会只结合小的片段,还是会干扰定量,除非引物只能扩增cDNA,不能扩增基因组,那就不存在基因组的干扰了.很困惑,请各位指教.
问题描述：
荧光定量PCR引物为什么要跨内含子设计,大家都说是为了避免提RNA时残留基因组的干扰,但是即使跨了内含子,假如有基因组残留,Real time PCR中还是能P出比cDNA大的一条带（含内含子的条带）,探针同样会结合这条大的片段,不会只结合小的片段,还是会干扰定量,除非引物只能扩增cDNA,不能扩增基因组,那就不存在基因组的干扰了.很困惑,请各位指教.
答
这个跨内含子是指引物设计在两个外显子连接处，这样就不能以genome为模板。
答
引物若跨内含子的话,引物仅能以3'端的一小部分结合基因组DNA,这样的话Tm会很低.在较高的退火温度下,引物几乎无法和基因组DNA结合来引发聚合,而主要是与能够完全配对的cDNA结合并引发反应.