助动词只能在一般现在时的疑问句式用到吗,比方DO

不是，用于肯定、否定回答时能用：Yes,he does/doesn't。
还有由于更肯定的表述句子中能用：She does really has many beautiful flowers。 她确实有许多美丽的花。
还有一般用助动词可以表示“做”： He does well。他做得很好。
不一定要用于疑问句才可以的，用于疑问句中，助动词只是个虚词，没有实际意义，但却是句子不可少的成分来表达。

不是，否定句中也有

这种说法不太合适.
助动词用来帮助构成否定句和疑问句.
常用的助动词有 do ,does,did,have ,has ,had 等.
do 和does 用于一般现在时,did 用于一般过去时,has 和have 用于现在完成时,had 用于过去完成时.