It`s the first time that he has been to Australia,isn`t it?中,为什么要用isn`t it,而不用hasn`t he?

你要看主语是什么。这句话强调的是提问人对"他"（句中的HE)去没去过澳大利亚疑问，所以疑问句应该是对整个事件的疑问而不是对"他"的疑问，所以用isn`t it而不是hasn`t he。
额外奉献：反义疑问句(The Disjunctive Question)
即附加疑问句。它表示提问人的看法,没有把握,需要对方证实。
它表示提问人的看法，没有把握，需要对方证实。反义疑问句由两部分组成：前一部分是一个陈述句，后一部分是一个简短的疑问句，两部分的人称时态应保持一致。
1．陈述部分肯定式+疑问部分否定式
2．陈述部分否定式+疑问部分肯定式
They work hare, don’t they?
She was ill yesterday, wasn’t she?
You didn’t go, did you?
He can’t ride a bike, can he?
请注意以下句型的反义疑问句的用法：
1．当陈述部分的主语是I , everyone, everything, nobody 时，后面的疑问句应表示为：
I am a student, aren’t I
Everyone is in the classroom, aren’t they?
Everything begins to grow in spring, doesn’t it?
Nobody will go, will they?
2. 当陈述部分有never，seldom, hardly，few，little，barely, scarcely, nothing 等否定词时，后面的疑问句则表示为：
There are few apples in the basket, are there?
He can hardly swim, can he?
They seldom come late, do they?
3. 当陈述部分是I think 加从句时，疑问句应和从句的人称时态保持一致。
I think chickens can swim, can’t they?
I think Lucy is a good girl, isn’t she?
I didn't think he was happy, was he?
4. 陈述部分有had better 时，疑问句应用hadn’t开头：
you’d better get up early, hadn’t you?
5.当陈述部分是祈使句时，疑问句要根据语气来表达
Let’s go out for a walk, shall we?
Let us go our for a walk, will you?
Turn on the radio, will you?
6.反义疑问句的回答用yes， no， 但是，当陈述部分是否定形式时，回答要按事实。如：
They don’t work hard, do they? 他们不太努力工作，是吗？
Yes, they do. 不，他们工作努力。/No, they don’t. 对， 他们工作不努力。
参考了他人观点。你看一下，或许有用。

反意疑问句是针对主句的，IT’S THE FIRST TIME是主句，后面的THAT是从句

it是形式主语,that后面的才是主语,句子是对主句it提问,而不是对从句提问.
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这句话的谓语是is 而不是has has是从句中的谓语而已