如何寻找与一已知蛋白质相互作用的蛋白质?如何进一步验证蛋白质之间是否确实存在相互作用（细胞内/细胞外?直接作用还是间接作用）?

首先你得知道到哪里去找那个未知的蛋白（比如是哪个生物,哪种细胞内）；
然后可以做CoIP（中文可能是什么共沉淀）,用针对那个已知蛋白的抗体去从细胞裂解液中抓出未知的蛋白；或者,把已知蛋白联到beads上,也可以抓出未知蛋白,这叫pull-down assay；
至于验证蛋白间的作用么,细胞内(in vivo）可以用FRET,或in situ PLA；细胞外（in vitro)么还是用pull-down,要用一定浓度的盐去洗,要不然可能是非特异性结合的.
你指的间接作用是指有别的蛋白做中间人?那就看你抓出来多少东西了~