我们说6点太阳在正东,赤道冬至日日出东南,和赤道上日出6点这不矛盾吗?

不矛盾。楼主搞错了，6点太阳未必在正东，这是谁和你说的。。。而赤道上日出6点倒是对的。
赤道外其它地方（南、北极不算）只有春、秋分这两天时才日出正东，此时日出时间为地方时6点，昼夜平分。冬至时日出东南，北半球昼短夜长，日出在地方时6点之后。
赤道比较特殊，虽然也是只有春、秋分这两天时才日出正东，冬至时日出东南，但是在赤道上看天体（包括太阳）都是“直上直下”运动的，这就导致了赤道上全年昼夜平分，因此一年四季无论什么时候都是日出6点，日落18点。

出来的方位与出来的时间有什么矛盾的呢？

6点太阳在正东,是有条件的.比如冬天的时候,6点太阳还没出来呢,谁知道它在哪里.6点太阳在正东,一般是指春分（秋分）日,昼夜平分,6点日出时太阳在正东.
冬至日,不光赤道,全球都是日出东南.