基因测序中的kmer是什么意思
问题描述:
基因测序中的kmer是什么意思
答
kmer就是长度为k的核苷酸序列 二楼回答的不错
答
是kilo mer的意思,就是千个聚合单位,mer来源于希腊语的meros表示“单位”或者“部分”。比如单体的monomer,聚合体的polymer,或者聚合酶polymerase。这里可以认为等同于核酸单位nt(因为是单链所以不用bp,base pair)
答
k-mer指的是将一条read,连续切割,挨个碱基划动得到的一序列长度为K的核苷酸序列.
比如以下这条read:
ATCGTTGCTTAATGACGTCAGTCGAATGCGATGACGTGACTGACTG
如果是13-mer分析的话
ATCGTTGCTTAAT
TCGTTGCTTAATG
CGTTGCTTAATGA
GTTGCTTAATGAC
……