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病毒是否是生命体?
对细胞的困惑
“约一个世纪以来,关于病毒是否是生物体这一问题的争论扰乱了生物学家的注意力.这一争执很大程度上源于十九世纪下半叶的一项总结—细胞是构成所有生命体的基本单位.病毒比细胞更简单,所以按照逻辑,病毒就不是生命体.这一观点是用教条决定语义,本末倒置,应当予以摒弃.” —美国进化生物学家Paul Ewald,2000
对进化的影响
关于病毒是否有生命的争论自然而然地引出了另一个问题：思考病毒处于有生命还是非生命状态是否仅仅是一种哲学练习,只是为活跃、热烈、浮华的辩论作基础,而几乎没有真正的意义?在我看来,这个问题很重要,因为看待这个问题的方式将会影响科学家对进化机制的看法.
病毒自身有古老的进化历史,可以追溯到细胞生命的起源.比如说,有些病毒修补酶—用来切除并重新合成受损DNA、修补氧化损坏等等[参见下面的框图]—是专用于某些病毒的,可能数十亿年来几乎没有发生过变化.
然而,大多数进化生物学家坚持认为,由于病毒没有生命,所以在试图理解进化过程时,不值得对其进行严肃考虑.他们还把病毒看作来自宿主的基因,不知什么原因脱离了宿主,并获得了蛋白质外壳.按照这个观点,病毒是由出逃的宿主基因退化而成的寄生生物.这样,就会把病毒排除在生命网络之外,因无法了解它们对物种起源和维持生命所起的重要作用.（事实上,在2002年出版、篇幅达1 205页的《进化百科全书》[The Encyclopedia of Evolution]中,只有4页是说病毒的.）
当然,进化生物学家并不否认病毒在进化过程中扮演了一定的角色.但是,这些研究者将病毒看作无生命的物体,因而将它们与气候变化归入了同一类.这类外部影响会在具有由遗传控制的不同遗传特征的个体间进行选择；面临这些挑战时,生存和生长能力最强的个体将会继续成功地繁殖,由此将自己的基因传给后代.
但是,病毒会直接与具有生命的生物体—也就是在生命网络中—交换遗传信息.大多数已知的病毒能够持久生存、没有害处,而且不会致病,可能大多数医生以及进化生物学家都会为此感到吃惊.病毒在细胞中生存,在那里,它们可能很长时间都会处于休眠状态,或者利用细胞的复制系统以缓慢而稳定的速度繁殖.这些病毒利用许多巧妙的方法,防止被宿主的免疫系统检测到—基本上,免疫过程中的每个步骤都可以被某个病毒中的各种基因调控.