解释CDS、cDNA、EST、mRNA、ORF间的区别?为什么不是所有读码框都能被表达出蛋白产物,或者能表达出占有优势或者能产生生物学功能的蛋白?
问题描述:
解释CDS、cDNA、EST、mRNA、ORF间的区别?
为什么不是所有读码框都能被表达出蛋白产物,或者能表达出占有优势或者能产生生物学功能的蛋白?
答
ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框)。
CDS的英文展开是coding sequences (编码区)。
ORF是理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的。程序会自动在DNA序列中寻找启动因子(ATG或AUG),然后按每3个核酸一组,一直延伸寻找下去,直到碰到终止因子(TAA或TAG)。程序把这个区域当成ORF区,认为理论上可以编码一组氨基酸。
但问题是,在一个整体核酸序列中寻找ATG并不靠谱。因为寻找到的ATG很可能是两个氨基酸编码片段的尾和头的混合体。比如AACGCATGCAGC.
看上面这个小序列,如果以T为中心,会有三种编码组合的可能。即
(1)ATG(T在中心)电脑程序发现的启动因子的组合
(2)CAT(T在最右侧)
(3)TGC(T在最左侧)本例中实际核酸编码的组合。
这就是ORF三种框架的来源。实际上,DNA序列可以按六种框架阅读和翻译(每条链三种,对应六种不同的三联密码子)。
所以,我们说ORF只是理论上的编码区,与真实的情景可能并不一样。
而CDS是检查cDNA后得到的编码组合序列,和实际情景比较接近。
答
CDS是Coding sequence的缩写,是编码一段蛋白产物的序列,是结构基因组学术语ORF开放阅读框是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止子打断.当一个新基因被识别,其DNA序列被解读,人们仍旧无法搞...