在减数第一次分裂间期，因某些原因使果蝇Ⅱ号染色体上的DNA分子缺失了一个基因，这种变异属于（　　）A. 染色体变异B. 基因重组C. 基因突变D. 基因重组或基因突变

A、根据题意，缺失了一个基因，即缺失一个染色体小片段，属于染色体结构变异，A正确；
B、基因重组有*组合和交叉互换两类．前者发生在减数第一次分裂的后期（非同源染色体的*组合），后者发生在减数第一次分裂的四分体（同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换），B错误；
C、基因突变是指缺失一个碱基，C错误；
D、基因重组形成新的基因型，基因突变形成新的基因，D错误．
故选：A．
答案解析：1、染色体结构的变异：指细胞内一个或几个染色体发生片段的缺失、增添、倒位或易位等改变；染色体数目的变异：指细胞内染色体数目增添或缺失的改变．
2、基因重组的概念：生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合．
3、基因突变是DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失而引起基因结构的改变．
考试点：染色体结构变异的基本类型．
知识点：本题考查基因突变、基因重组和染色体变异的区别，意在考查学生理解其实质，用于解决问题的能力．