这世界上一切物质的本质是一样的吗?比如人和一块石头,在显微镜下都是原子组成的?但是人的原子种类多还会自我重组复制,石头的原子种类单一不会自动重组复制,但是是什么力量在重组人的原子?

是一样的，爱因斯坦相信大一统理论，用一个公式表示出世界所有物质的关系，这就表明世界物质的本质是一样的。
其实整个世界其实都是能量的不同形式。

没有本质。
比如人和一块石头，在显微镜下都是原子组成的？如果你指物理学的原子，是的。
但是人的原子种类多还会自我重组复制，石头的原子种类单一不会自动重组复制，但是是什么力量在重组人的原子？原子并不能区分人与石头，而是在分子的层面。

物质的本质又是什么？

我这样回答你吧！我们把任何物质细分到底，那么本质就是一样的；这个是基础。然后你有提到“什么力量在重组人的原子？”，任何两个问题上升一个层面他也就是相对不同；相对不同的原因是因为你给他加了一个前提。
个人见解希望可以帮到你。

这个问题是哲学问题,不要以科学实验的角度来论证,因为目前的科学能力也是有限的.我认为是一样的,物质的形态不同只是宇宙中能量的不同表现形式.

在某个特定的范畴中，形而上学的归纳为一致的。

目前科学推理出，存在形成宇宙万物的最基本物质，可以形象的理解为最小的物质，这种物质充满整个宇宙空间，从微观角度讲，万物包括原子、质子、电子都是有这种最基本物质组成，所以，世界上的一切物质本质上是一样的。