下列说法正确的是（　　）A. 分子是构成物质的微粒，因此物质都是由分子构成的B. 某雨水的pH小于5.6，因此雨水中溶解的是SO2C. C60和石墨的组成元素相同、原子排列方式不同，因此它们的性质存在差异D. 金属化合物在灼烧时，火焰呈特殊颜色，化学上称作焰色反应

A、构成物质的微粒有分子、原子、离子，所以A说法不正确；
B、酸雨的形成是因为雨水中溶解了二氧化硫（SO₂），氮的氧化物（如一氧化氮（NO），二氧化氮（NO2），三氧化二氮（N₂O₃），四氧化二氮（N₂O₄））等气体，所以B说法不正确；
C、C₆₀和石墨的组成元素相同，它们的物理性质存在差异是因为它们内部原子的排列方式不同，所以C说法正确；
D、焰色反应是指某些金属或它们的化合物在无色火焰中灼烧时使火焰呈现特征的颜色的反应，所以D说法不正确．
故答案为C．
答案解析：本题考查了物质微粒的构成，金属的化学性质，碳单质的物理性质，以及酸雨的形成．
考试点：分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；金属的化学性质；酸雨的产生、危害及防治；碳单质的物理性质及用途．
知识点：本题是对物质微粒的构成，金属的化学性质，碳单质的物理性质，以及酸雨的形成的考查．