Does the way you thought of to make the water clean make any sense?为什么要用to make?做什么成分啊?不能用making代换吗?

这句话的主语是the way
the way 有一个搭配是the way to do sth. "做某事的方法"
you though of 做the way 的定语从句
这句话的意思可以翻译成“你考虑的这个把水变干净的方法有作用吗？”

the way to do sth
thought of 是修饰the way的 跟to make 无关

to make the water clean 是 the way 的定语,the way to make the water clean,是不能用making的.
如果整句话去掉修饰的部分,只剩主谓宾,Does the way make any sense?结构清晰这样好理解了.

to do sth不定式作后置定语，不能the way to do sth 是固定搭配