氧分子是由氧原子还是由氧离子组成的?为什么说氧分子比氧原子更稳定?氧分子中的质子有16个,质子,中子,电子在分子中是怎么排布的?致使分子比原子更稳定?还有直接由原子构成的分子与由离子构成的分子有什么不同之处?

分子只能由原子构成!如果有离子,那它一定不是分子,而是离子化合物.
我估计你是初中学生吧,只能简单回答：
氧分子比氧原子稳定的原因：分子中两个氧原子通过共用一对电子,形成分子,使得两原子都达到8电子稳定结构,从而使能量降低而稳定.
氧分子中的16个质子,中子,电子的排列是这样的：16个质子,中子（不一定16个哈）还是分属于两个氧原子；有两个观点来解释分子中电子的归属：一是有12个电子还是分属于两个原子,另四个则属于两原子共有——这就是经典的价键理论；二是16个电子均共属于两个原子——这是现代分子结构理论.两个都不能说错,是两个认知阶段.按现代分子结构理论来说,其实内层电子还是主要从属于原来的原子.