我扩增的片段大概1400bp,GC含量较高,用LA Taq可以扩增出来,但有突变,用高保真酶又扩增不出来,怎么办?

可用混合酶进行扩增,一般可以挑到无突变的克隆.
另外可以控制扩增的次数,你估计一下模板含量,然后用乘以和扩增相关的系数2^(0.7*n),其中n为扩增次数.这个方法还是比较准确,控制循环次数可以把相差两个Log的DNA扩增到基本相同的含量.你扩增的次数控制在产物总量不要超过500ng（50ul体系）.我喜欢用Pfx（Invitrogen）,扩增效率高,突变产物较少.Iproof也可以,产量也不错.