PCR-DGGE检测厌氧反应器中的微生物,为何测序回来的结果大都是所谓的宏基因组呢?与预期的一点边都不沾啊
问题描述：
PCR-DGGE检测厌氧反应器中的微生物,为何测序回来的结果大都是所谓的宏基因组呢?与预期的一点边都不沾啊
“Metagenome sequence ctg1167,whole genome shotgun sequence” 宏基因组序列ctg1167,全基因组鸟枪序列“Marine metagenome ”海洋宏基因组“Compost metagenome contig”宏基因组堆肥重叠群"Human gut metagenome DNA"人类肠道宏基因组DNA------这些跟我的反应器中的微生物几乎没有关系啊,正常应该是厌氧氨氧化菌、产甲烷菌、变形菌等等的啊,郁闷啊,是我做的有问题,还是测序有问题,还是反应器就这样,还是别的,要交毕业论文了,这些还没弄明白,着急,
答
话说我也在说毕设.lz你做的是厌氧反应器中的微生物,那么你测的是16s V3区的pcr 还是整个16s的pcr.PCR-DGGE之后你是直接割胶纯化测序,还是连质粒转化然后测序的啊.求你做的顺序,我要作参考.16s V3区，引物338-518和333-533，自己连接转化，后送交测序公司测序，谢谢！！！那么你当时做PCR的条带好不好，连接之后又做过PCR进行验证么？怎么感觉测的是大肠杆菌的基因啊.话说，我问过师兄了，你得说下自己的流程。他觉得你可能流程出现问题了，你都说下，然后看看那里出现错误了。 最重要的是你挑单克隆了么？