已知基因名和cDNA位点,如何找到相对应的DNA序列上的位点?
问题描述：
已知基因名和cDNA位点,如何找到相对应的DNA序列上的位点?
例：已知基因名PLEC,NM_201384,exon1,c.14A>G.现在要验证c.14A>G这个位点是否发生突变.我在NCBI中可以查到这个基因相对应的mRNA的序列,可以以mRNA序列设计引物么?这对因为可以对gDNA进行扩增么?c.14这个位点对应到gDNA序列中是哪个位点?
答
你找的14a在这里,通过上下游的碱基搜索就可以了.
可以根据mRNA序列设计引物,扩增gDNA,但必须注意,引物必须在同一个exon上.如果扩增的片段跨了一个或几个intron,还要用到long PCR的酶.
有个比较简单的方法,反转录mRNA,以cDNA为模板,就没有上述的限制了.
引物设计软件，例如PP6，可以设定引物的位置