(1)I wrote a letter to her _blue ink A by B in C with (2)I want to write a letter to her_ my pen当by 和in和with 翻译成用的时候有什么区别.

by指用的方式，如：通过用做什么事达到目的；with指用的具体的工具，如：用笔写字；in也表达用的工具，但有点抽象，如：in English，in this way等。

I wrote a letter to her _blue ink B in
(2)I want to write a letter to her_ my pen C with

第一个问题用 in ,用什么颜色的墨水应该用介词 in
第二个问题应该用 with 表示用某种工具
by 侧重于用某种手段方法
in 本意 在...中,当做"用"的时候,多表示用某种液体
with 则侧重于用某种工具
希望对你有所帮助.

B in
with
by“以...方式” 如by bus
in表示“显示做...的材料”，不能理解为“用”
with “以...方式”
只是我们在翻译成汉语时，按照中文的习惯，翻译成“用”，但还是要搞清每个词的词义的。
祝进步