提取细菌基因组时能剧烈震荡么
问题描述：
提取细菌基因组时能剧烈震荡么
我最近用试剂盒提取细菌基因组,用的是gene star 试剂盒,加完裂解液后保温5min,然后说明书上写着加入氯仿震荡,然后离心上清液挂柱.提取了两次,结果提出来的基因组都有三条带,分别在10000以上,2000bp左右有两条带.我提取的是两种不同的细菌的基因组,情况相同.现在我搞不清楚是因为剧烈震荡基因组断裂了还是细菌里有质粒存在.而且我用超微量检测基因组浓度时发现在A260-A280无吸收峰,但是能测出浓度是100ng/ul .谁知道这是怎么回事啊
答
从原理上说,加完裂解液是可以剧烈震荡的,为的是彻底裂解细胞.取上清之后进入酚/氯仿/异戊醇抽提,就要小心轻柔了,因为此时对象是DNA,操作猛烈会打断的.你的三条带有可能从大到小依次是基因组、质粒开环、质粒超螺旋.你提的是什么菌株,怎样的来源,遗传背景清楚吗?至于紫外检测A260-A280无吸收峰但能测出浓度的情况,我也遇到过,有时候是样品浓度过高不在可测量范围内,需要进行适当稀释再测；有时候是样品中杂质太多（注意下其他波长有没有吸收峰?）干扰了DNA检测；有时候是仪器本身出问题了,要进行调试和整修.另,建议不要用试剂盒配的elution溶解最终的基因组DNA,用灭菌的双蒸水比较好,便于紫外检测.