句子分析：Smoking does harm to the health.这个句子是动名词做主语.我认为harm to 是谓语,那does是什么成分呢?我感觉去掉它这个句子也没什么错误.还有句子中有do的情况,感觉还挺多的,希望再举个例子说明白一下.

does 是强调。 吸烟（真的）危害健康。
比如：I do miss her. 我真的想念她。

do确实可以起强调的作用，但是在此句中却不是此种用法！
此句是一个很简单的主谓宾结构。
Smoking当然是做主语，harm在这里是名词，do harm to是固定搭配，与do good to意思相反，是属于短语介词，在句子中做谓语，最后the health 是做介词 to也就是短语的介词的宾语，构成整个句子的主谓宾结构！

harm在句中是作为名词使用,所以需要谓语动词,常常我们使用的短语是do harm to,to是介词.
如：Only Bad people do harm to animals.只有坏人才会伤害动物.
吸烟有害健康通常我们还能使用它的形容词形式
如：smoking is harmful to your health.
当然在句子有谓语的情况下有时候也使用助动词表示强调.
比如：i understand.我懂了.
这句话要强调说我真的懂了,就可以说 i do understand.

harm在这个句子里是名词，前边要用个动词来施加动作，固定搭配是do harm造成伤害，后边跟介词to
如果想让harm作动词的话，可以直接说：Smoking harms the health.
如你所说，这种情况很多。动词+名词 短语 可以和中间那个名词的动词形式 互换。 比如：
make an experiment= experiment 动词 做试验