why the reason you couldn't come always make me feel upset,这个句子的语法正确吗?；

语法不对啦。这是个问句，结构应该是why +助动词/系动词+主语+动词+宾语 的结构。你这里缺少了助动词/系动词，主语是the reason（ you couldn't come是主语的定语），动词是make，宾语是me feel upset，其实宾语一般是something，但是这里是用的make这个特殊的动词。所以你这里应该在why后面加个does。
这句如果不是问句的话应该语序是这样的：
the reason （that）you couldn't come always makes me feel upset.
希望你能理解，不理解再追问哈亲呵呵

这个句子的语法正确
It is the reason why you couldn't come that always make me feel upset
是你不能来的原因总是让我很难过

说实话念了几遍都不能确定你的意思,也就是说,这话很别扭
如果你想说“你不能来的理由总让我很难过”
就要写 the reason why you couldn't come.
这就算个英文语序的问题,你本来的有点儿chinglish
另外就是couldn't come 给人的感觉是一次没有来,而 always又好像是次次不能来,所以要看你到底想说什么,才好帮你改
如果还有问题可以找我~

这些不能来的原因总是让我很烦躁