为什么是how many apples do you need?不是应该是how many apples you (that ) you need?对不起，that前的you无视掉吧- -- 我的意思是，如同句子：are you sure there are UFos?不能为：“are you sure are there UFOs?我要疯了。但我必须弄个明白。

that可以省略

how many apples do you need?是问句，意思是“你需要多少苹果？”
而 how many apples (that ) you need 是感叹句，意思是“你需要那么多苹果呀！”
句中有do一般可构成疑问句，如果在疑问句中去掉do 就成了短语或其他句型。
do you have a book? 是疑问句 。而
you have a book. 就是陈述句了。
又如：what do you do? 是问句。 而
what you do,（你所做的）就只是个短语，构不成完整意思。

that是修饰need的，作宾语，且代表apples，然而这里没有助动词，且根据特殊疑问句句式的要求，do应该放在you的前面。

How many apples that you need,不完整，特殊疑问句如果问完整是要有be 动词或助动词的。
比如1 How many apples （that you need） are there？（that 在这里做宾从）
你需要的苹果有多少？
2 How many apples do you need？（need ，可以做情态动词也可做实意动词。在这里就当实意动词，所以助动词提前。）
你需要多少苹果？
两句比较看，貌似都对，但口语里常用第二种。因为1句过于啰嗦，被中语套住。其实英文是简洁明了的语言，这句太Chinglish了。

前一个句子,是这样的句型,特殊故疑问句：特殊疑问词+一般疑问句（即Be动词/助动词/情态动词+主语+动词原形+其他）
而后一个句子how many apples (that ) you need?在句子构成上是错误的,并不是特殊疑问句.
然而问题补充中的,则不能跟这道题相提并论,are you sure后面应该是一个省略了that的宾语从句,必须用正常语序,而不能用疑问语序.