质粒DNA琼脂糖凝胶电泳中质粒超螺旋、开环、直链跑胶快慢次序是什么?听学长说其实不是线性的跑得最慢.而是开环的跑得最慢,他们自己做实验得到的结果,我想问问各位真正（注意不要道听途说和各种搬运工!）做过实验的得到的结论是什么?

是开环跑的最慢。三者电泳速度由快到慢排序为：共价闭环DNA、线性DNA、开环DNA。
但是，随电泳条件的不同有时开环质粒DNA和线状DNA的位置会发生互换。

超螺旋DNA的电泳淌度最大，运动速度也最快，线状DNA次之，松弛状DNA的电泳淌度最低。
参考 互动百科上面的介绍

我硕士专业是分子生物学这方面的,我可以很负责地告诉你,质粒DNA分子具有三种构型：共价闭合环开DNA（cccDNA,SC构型）、开环DNA（OC构型）和线性分子（L构型）.在细菌体内,质粒DNA是以负超螺旋构型存在的.在琼脂糖凝胶电泳中不同构型的的同一种质粒DNA,尽管分子量相同,但具有不同的电泳迁移率.其中跑在最前沿的是共价闭合DNA,其后依次是线性DNA和开环DNA,其原因是共价闭合的DNA其空间位阻最小,所以跑得最快.而开环DNA空间位阻最大,所以跑得最慢.
这些结论都是经得起实验考验的,我在做质粒的上有没有这个酶切位点鉴定的时候,我就会用原质粒和经过单酶切的质粒在同一块胶上进行电泳,看单酶切后的质粒是不是比原质粒跑得快从而鉴定出质粒有没有被切开.这个也分子生物学领域应用很广泛,PCR-RFLP方法就是基于这个原理进行限制性内切酶图谱方面的鉴定的.