我提取RNA,反转录得到cDNA,我要由此扩增功能基因,请问引物设计时,用查到的mRNA序列,还是用cDNA序列我要克隆一个基因,从NCBI查到该基因近似物种的mRNA(没有查到cDNA).我的路线是先提取RNA,反转录成为cDNA,由cDNA进行PCR,得到该基因.但是,在引物设计时,我不清楚是应该用近似物种的mRNA序列进行设计,还是用cDNA序列进行设计.如果用cDNA序列进行设计的话,我是否只需用在线工具转换一下即可?
问题描述：
我提取RNA,反转录得到cDNA,我要由此扩增功能基因,请问引物设计时,用查到的mRNA序列,还是用cDNA序列
我要克隆一个基因,从NCBI查到该基因近似物种的mRNA(没有查到cDNA).
我的路线是先提取RNA,反转录成为cDNA,由cDNA进行PCR,得到该基因.但是,在引物设计时,我不清楚是应该用近似物种的mRNA序列进行设计,还是用cDNA序列进行设计.如果用cDNA序列进行设计的话,我是否只需用在线工具转换一下即可?
答
理论应该用CDNA进行因为设计,但要保证你提取的mRNA的质量,尽量减少降解.可以在原序列基础上先写出互补序列再进行引物设计.