I don't know if he __(come) if it ___(rain) tomorrow.请问第二个空该怎么解释?

will come rains

comes is raining

第一个if是“是否”,引导宾语从句.填will come,是一般将来时.
第二个if是“如果”,引导条件状语从句.虽然也是一般将来时,但根据“主将从现”（主句是一般将来时,条件状语从句要用一般现在时）的原则,填rains.

rained给你一个公式（基本上是这样）：虚拟语气里，表示对现在虚拟的时候，主句谓语动词do变did，从句变would do；表示对过去已发生的虚拟是，主句变have done从句变would have done（注，有时would可用could、might、should等词语代替）